Hahnemann war konfrontiert mit einer ideologischen und völlig irrationalen Medizin, wehalb er jahrelang kaum noch praktizierte sondern sich und seine wachsende Familie mit pharmakologischen Untersuchungen und Übersetzungsarbeiten über Wasser hielt.
Eine Vielzahl von Veröffentlichungen aus dieser Zeit dokumentieren die Ergebnisse seiner pharmakologischen Forschungen. Zwischen 1793 und 1799 veröffentlicht er sein Apothekerlexikon und prüft Arzneien an Studenten, Familienmitgliedern und sich selbst.
Allerdings war die experimentelle Pharmakologie in der erstmals Medikamentenprüfungen an Gesunden vorgenommen wurden nicht der einzige Gegenstand seiner Forschungen sondern auch klinische Arbeiten.
Als Zeitgenosse Philipe Pinels (20.04.1745 – 25.10.1826) der ab 1789 erstmals an seiner Klinik die Abschaffung von Zwangsmaßnahmen bei Psychiatriepatienten durchsetzte, erhielt Hahnemann 1792 durch den Herzog Ernst von Sachsen Gotha die Gelegenheit in Georgenthal eine Einrichtung für die Behandlung Geisteskranker zu eröffnen.
Die Kasuistik des geheimen Kanzleisekretärs und Schriftsteller Klockenbring aus Hannover der sich als einziger Patient in Georgenthal aufhielt ist gut dokumentiert und lässt erkennen, dass Hahnemann nicht nur Zwangsmaßnahmen ablehnte sondern auch den Ähnlichkeitsgedanken untersuchte.
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